Největší výhrady má ke stavbě amerického systému protiraketové obrany na území Polska a České republiky Moskva. Od zveřejnění amerických plánů je tvrdě kritizuje a varuje před odvetnými opatřeními, přičemž její hrozby se postupně zesilují. Nejde jen o hrozby zavádění nových raketových systémů, ale také o vojenskopolitické kroky.

Ruští generálové v únoru také pohrozili, že na radar zaměří své vlastní rakety.  Na začátku roku 2007 Moskva varovala, že může jednostranně vypovědět smlouvu o likvidaci raket středního doletu a obnovit jejich výrobu, v květnu ruský prezident Vladimir Putin oznámil, že Rusko odstoupí od smlouvy o omezení konvenčních zbraní v Evropě. Moskva přestala podmínky smlouvy z roku 1990 dodržovat v noci z 12. na 13. prosince.

V létě 2007 Rusko také obnovilo lety svých strategických bombardérů, které se několikrát přiblížily k lodím USA i ke vzdušnému prostoru zemí NATO. Britové a Norové proti nim vyslaly své stíhačky.

Ruské výhrady

Moskva také zpochybňuje americká tvrzení, že systém má sloužit proti možnému ohrožení ze strany Íránu a vnímá rozšíření systému americké protiraketové obrany do Evropy jako ohrožení. Radar sice slouží prioritně k navádění antiraket, ale může také monitorovat situaci v evropské části Ruska. „Pochybuji, že trajektorie letu íránských a severokorejských raket povedou přes Česko a Polsko. Radarová stanice v Česku ale nepochybně může sledovat činnost raketových vojsk umístěných ve středním Rusku i Severní flotily," prohlásil ruský generál Vladimir Popovkin. Jeho názor souzní s tvrzením ruského ministra zahraničí Sergeje Lavrova, který se obává, že „uskutečnění tohoto projektu by mohlo destabilizovat situaci v Evropě," dodal ministr.

Podle Ruska by systém proti případným íránským hrozbám bylo lepší vybudovat blíž k jeho hranicím, například v Turecku. Ruští vojenští odborníci také zpochybňují velikost hrozby ze strany Íránu a Severní Koreje pro území Spojených států. "Aby je bylo možné skutečně ohrozit, je nutné vlastnit mezikontinetální rakety s délkou doletu deset tisíc kilometrů. Bez ohledu na přání těchto zemí rozvíjet svou raketovou techniku, reálné možnosti těchto vlád mají svá omezení. Jsou schopné stavět rakety s doletem 3,5 tisíce kilometrů, které mohou být zničeny současnými systémy rozmístěnými v Evropě," uvedl generálplukovník Jevgenij Bužinskij  s tím, že vybudovat takové rakety není zatím ani v možnostech Indie, Pákistánu a Izraele.

Rusko chce na radar zaměřit své rakety

Moskva také pohrozila řadou protiopatření. V České republice vyvolala největší rozruch varování, že radar se může stát jedním z prioritních cílů ruských sil, v únoru velitel ruských raketových vojsk Nikolaj Solovcov varoval, že na radar budou zaměřeny ruské rakety: "Zatím tam nic nepostavili. Jestli se k tomu Polsko a Česká republika rozhodnou, naše raketová vojska zařadí tyto objekty mezi své cíle.“

Velitel ruského strategického bombardovacího letectva Igor Chvorov zase hrozil možným náletem "Jelikož jsou prvky raketové obrany slabě chráněny, jsou všechny typy našich letadel s to použít proti nim elektronická protiopatření nebo je zničit.“

Strach z převahy ruských konvečních sil

V NATO však vyvolalo největší rozruch prohlášení ruského prezidenta Vladimira Putina, že pozastaví plnění smlouvy o omezení konvečních sil, které načasoval na konec dubna před summit Severoatlantické aliance.  Platnost Smlouvy o konvenčních silách v Evropě z roku 1990 pozastavuje Rusko do té doby, než ji ratifikují všechny členské země NATO včetně nově přistoupivších, jako je Slovensko a pobaltské státy.  "Vyhlásili jsme moratorium a nebudeme už nikoho informovat o pohybu jednotek na našem vlastním území," oznámil 3. května ruský vicepremiér Sergej Ivanov.

V NATO vyvolala jeho slova největší obavy, protože SSSR měl v pozemních silách nad zeměmi NATO převahu. Své hrozby Rusko vyplnilo v noci 12. na 13. prosince. Od té doby už ani nehlásí pohyby svých jednotek.

I možné vypovězení smlouvy o likvidaci raket středního doletu představuje pro Evropu značnou hrozbu, zejména kvůli tomu, že Rusko nezničilo vybavení na výrobu těchto raket. To je důvod, proč Polsko požaduje dodání raket Patriot na ochranu americké základny s antiraketami.

Navíc Rusko zavádí do výzbroje strategické střely Topol M, které jsou schopné mžikových změn trajektorie, a tudíž jsou nově budovaným systémem americké protiraketové obrany jen obtížně likvidovatelné.

Strach z rozšiřování vlivu USA

Rusko se cítí ohroženo nejen základnou, ale také rozšiřováním NATO, jehož členové nyní s Ruskem přímo sousedí. Zájem o vstup do NATO dává jasně najevo i Gruzie. Sergej Lavrov označil plán na vybudování systému protiraketové obrany v Polsku a ČR za součást expanze NATO: "Obavy vzbuzuje už to, že aliance získala přístup k ruským hranicím." Americkou politiku jedné světové velmoci přitom označil ze mimořádně nebezpečnou a destabilizující, protože jednostranná rozhodnutí ohrožují pilíře mezinárodního společenství, především jeho právní základ. Zmiňoval zejména případ války v Iráku, kde USA obešly OSN. Narušily ale také systém kolektivní bezpečnosti, a to právě kvůli budovanému systému protiraketové obrany. Vypověděly totiž smlouvu o omezení antiraket z toku 1972.

Kvůli odlišným strategickým koncepcím Rusko také odmítlo americkou nabídku připojit se k americkému systému. Lavrov to zdůvodnil tím, že Američané už vše rozhodli sami. Podle něj by spolupráce byla možná jen v případě, že by se obě země nejprve dohodly na strategických záměrech a pak budovaly společný systém. Moskva také nebyla spokojena s tím, jak ji Washington informoval o vývoji systému.

Ruská hrozba Ukrajině

Nejtvrději vystoupilo Rusko proti Ukrajině, která zvažovala vstup do NATO. Ruští generálové pohrozili, že na Ukrajinu zaměří své rakety. Prozápadně orientovaný prezident Vladimir Juščenko v únoru 2008 nabídl Kremlu, že Ukrajina přijme zákon, jenž znemožní, aby na jejím území byla přítomná zahraniční vojska. Ukrajina zákon přijala pod tlakem v době, kdy hrozilo, že přestane dostávat plyn, který putuje ruskými plynovody.